#125 : Une tactique d’étude des tiques

Olivier Duron, directeur de recherche au CNRS au laboratoire Mivegec de Montpellier, étudie les tiques et les microbes qu'elles transportent. Dans A l'UM la science, l'émission de l'Université de Montpellier et de Divergence FM, il explique comment le séquençage à haut débit permet de surveiller et de diagnostiquer les maladies transmises par les tiques, dans une approche Une seule santé. En seconde partie, Romain Domingo fait visiter le laboratoire de mesures physiques et de texture des aliments de l'unité Qualisud.

Ce que le séquençage révèle des tiques

Dans ce numéro d’A l’UM la science, l’émission de l’Université de Montpellier diffusée sur la radio Divergence FM, Olivier Duron, directeur de recherche au CNRS au laboratoire Mivegec (maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle), présente une revue publiée dans la revue One Health sur l’usage du séquençage à haut débit dans la surveillance et le diagnostic des maladies transmises par les tiques. Il rappelle que la tique n’est pas un insecte mais un arachnide, à huit pattes. Chez les tiques dures, elle passe par trois stades, larve, nymphe et adulte, et ne se nourrit que trois fois dans sa vie, sur une période de un à cinq ans ; une femelle peut multiplier son poids par près de cent. Sur environ 900 espèces décrites, très peu piquent l’humain : beaucoup sont spécialisées, sur les reptiles, les passereaux ou, en Guyane, les paresseux. Les tiques transmettent par leur salive des bactéries, comme celle de la maladie de Lyme, des virus, des protozoaires responsables de piroplasmoses chez les chevaux et les chiens, ou des vers filaires. L’humain est un hôte accidentel : le cycle naturel de la maladie de Lyme se joue entre les tiques et de petits rongeurs forestiers. D’où l’intérêt de l’approche Une seule santé : selon lui, détruire les populations de renards peut faire augmenter l’année suivante celles de campagnols et de mulots, et donc le risque pour l’humain. Le séquençage à haut débit consiste à récupérer toute l’information génétique d’un échantillon : génome de la tique, de ses microbes et même restes de repas sanguins, jusqu’à du sang de goéland ou de panthère. Il a montré que les pathogènes ne représentent qu’une infime partie des microbes d’une tique, dominés par des bactéries symbiotiques qui lui fournissent des vitamines B, et que des bactéries crues pathogènes ne l’étaient pas.

Ce séquençage permet aussi de détecter des agents inconnus, que les tests classiques ne voient pas. Olivier Duron raconte le cas d’un patient vivant en forêt en Guyane, hospitalisé à Cayenne sans diagnostic, chez qui son équipe a identifié une nouvelle espèce de bactérie du genre Anaplasma, proche d’une bactérie trouvée chez des paresseux.

Mesurer la texture des aliments

Dans la seconde partie de l’émission, retour sur la plateforme de technologie alimentaire de l’unité Qualisud, avec Romain Domingo, technicien au laboratoire de mesures physiques, rhéologiques et de texture des aliments. La rhéologie, explique-t-il, étudie la viscoélasticité et l’écoulement d’une matière, un jus, une pâte ou un plastique. Son rhéomètre peut simuler la cuisson d’un pâton et suivre l’évolution de ses propriétés ; un granulomètre laser mesure la taille des particules d’une farine par diffraction de la lumière, ce qui influe sur l’hydratation de la pâte ; un texturomètre mesure la dureté de la mie ou de la croûte. Ces mesures servent à conseiller des entreprises sur la formulation ou le procédé.

Le laboratoire travaille beaucoup avec des partenaires des pays du Sud, pour élaborer des protocoles sur des produits comme le manioc ou les tubercules, pour lesquels les normes n’existent pas.

Pour aller plus loin

• Laboratoire Mivegec
• Unité Qualisud
• A l’UM la science sur Divergence FM
• Tous les épisodes d’A l’UM la science sur le site de l’Université de Montpellier

Les références de l’épisode

• Mivegec : laboratoire montpelliérain sur les maladies infectieuses et leurs vecteurs, où travaille Olivier Duron.
• Qualisud : unité de recherche dont la plateforme de technologie alimentaire est visitée en seconde partie.
• CIRAD : organisme où se trouve la plateforme de technologie alimentaire.
• Maladie de Lyme : maladie transmise par les tiques, due à la bactérie Borrelia burgdorferi.
• One Health : approche Une seule santé liant santé humaine, animale et environnementale, et revue où paraît la publication d’Olivier Duron.
• Hôpital de Cayenne : où a été hospitalisé le patient guyanais infecté par une bactérie inconnue.

Au fil de l’épisode

• 00:00:32 : l’approche Une seule santé et la surveillance des tiques
• 00:01:57 : présentation d’Olivier Duron et de sa publication
• 00:02:50 : la tique, un arachnide et non un insecte
• 00:03:23 : les trois stades de vie des tiques dures
• 00:04:17 : 900 espèces, très peu qui piquent l’humain
• 00:05:08 : les maladies transmises, de Lyme aux piroplasmoses
• 00:06:22 : l’humain, hôte accidentel
• 00:07:20 : pourquoi les maladies à tiques illustrent l’approche Une seule santé
• 00:08:39 : le principe du séquençage à haut débit
• 00:09:31 : le microbiote des tiques et leurs bactéries symbiotiques
• 00:11:33 : la bio-informatique pour trier les données
• 00:12:18 : séquençage par amplification ou séquençage complet
• 00:14:11 : disséquer glandes salivaires et ovaires
• 00:15:29 : le séquençage pour le diagnostic
• 00:16:28 : une bactérie inconnue découverte chez un patient en Guyane
• 00:19:42 : distinguer microbes pathogènes et non pathogènes
• 00:22:39 : vers des protocoles standardisés
• 00:23:58 : reportage au laboratoire de texture des aliments de Qualisud
• 00:25:24 : le rhéomètre et la simulation de cuisson
• 00:26:48 : le granulomètre laser et la farine
• 00:28:34 : le texturomètre et la collaboration avec les pays du Sud

FAQ

Quelles maladies les tiques peuvent-elles transmettre ?

Selon Olivier Duron, la plus connue dans l’hémisphère nord est la maladie de Lyme, due à la bactérie Borrelia burgdorferi. Les tiques transmettent aussi des virus responsables d’encéphalites ou de fièvres hémorragiques, des protozoaires à l’origine de piroplasmoses chez les chevaux et les chiens, et des vers filaires qui touchent la faune sauvage.

À quoi sert le séquençage à haut débit pour étudier les tiques ?

Il récupère toute l’information génétique d’un échantillon : génome de la tique, de ses microbes et restes de son repas sanguin. Il permet de dresser l’inventaire des bactéries présentes, de distinguer les pathogènes des symbiotiques et de repérer des agents infectieux inconnus que les tests de diagnostic classiques ne détectent pas.

Pourquoi les maladies à tiques relèvent-elles de l’approche Une seule santé ?

Parce que leurs pathogènes circulent naturellement entre les tiques et la faune sauvage. Olivier Duron explique que perturber un milieu, par exemple en détruisant les renards, peut faire augmenter les populations de campagnols et de mulots, donc la circulation de la bactérie de Lyme et le risque pour l’humain.

Quelle bactérie inconnue a été découverte en Guyane ?

Chez un patient vivant en forêt, hospitalisé à Cayenne sans diagnostic, l’équipe d’Olivier Duron a identifié par séquençage une nouvelle espèce du genre Anaplasma, transmis par les tiques, proche d’une bactérie trouvée chez des paresseux. Le patient s’était rétabli grâce à des antibiotiques ; c’était alors le seul cas connu.